วิธีนี้เหมาะสำหรับสมุนไพรที่มีสารละลายออกมาในน้ำ เป็นวิธีการที่สกัดเอาตัวยาสมุนไพรได้ดีกว่าการชง ข้อดีของยาต้มก็คือ ดูดซึมง่าย ออกฤทธิ์เร็ว เตรียมง่ายและสะดวก แต่ก็มีข้อเสียก็คือ รสชาดไม่ค่อยดี เก็บไว้ได้ไม่นาน ขึ้นราง่าย
ภาชนะที่ใช้ต้ม ควรใช้หม้อดิน หม้อเคลือบหรือหม้อแสตนเลส ไม่ควรใช้โลหะ อลูมิเนียมหรือเหล็ก เพราะอาจจะเกิดปฏิกิริยากับตัวยาได้ ซึ่งจะมีผลต่อฤทธิ์ของยา สมุนไพรที่นำมาต้มจะใช้สมุนไพรสดหรือแห้งก็ได้ โดยจะใช้ส่วนของ รากไม้ เปลือกไม้ กิ่งก้าน เมล็ดหรือผลบางชนิด

  วิธีเตรียมยา
          นำส่วนของสมุนไพรที่นำมาใช้มาล้างให้สะอาด แล้วนำมาหั่นหรือสับ ขนาดพอประมาณ อย่าให้เล็กหรือใหญ่เกินไป ส่วนสมุนไพรที่เป็นเหง้าหรือหัวใต้ดิน ควรจะทุบหรือบุพอแตก (จะทำให้เซลล์แตก น้ำมันหอมระเหยออกมาได้ดี ) แล้วนำสมุนไพรที่ได้ใส่ลงไปในหม้อต้ม

  วิธีต้ม
          ใส่น้ำให้ท่วมยาเล็กน้อย แช๋ทิ้งไว้ประมาณครึ่งชั่วโมง เพื่อให้สมุนไพรดูดซึมน้ำให้เต็มที่ แต่ถ้าเป็นสมุนไพรสดไม่ต้องแช่ ใช้ไฟอ่อนๆ ต้มให้เดือด แล้วค่อยหรี่ไฟอ่อน พยายามคนอยู่เสมอเพื่อไม่ให้ยาไหม้ ส่วนใหญ่แล้วจะต้ม 3 เอา 1 คือ น้ำที่ใส่ 3 ส่วน ต้มให้เหลือ 1 ส่วน หลังจากนั้นก็นำมากรองลงในภาชนะที่เตรียมไว้ ยาต้มควรรับประทานเมื่อท้องว่างจึงจะได้ผลดี ที่เหลือเก็บไว้ในตู้เย็น ใช้ดื่มในมื้อต่อไป