เอื้อม อุบลพันธุ์ นักวิชาท้องถิ่นสันนิษฐานเกี่ยวกับชื่อ " ถ้าพรรณรา " ว่าน่าจะมาจาก 3 ประการ

• ประการที่สอง คำว่า " รา " น่าจะหมายถึงคลองรา อันเป็นคลองสำคัญมาแต่โบราณถึงปัจจุบัน และตั้งอยู่เชิงภูเขาอันเป็นที่ตั้งถ้ำพรรณรา

• ประการที่สาม คำว่า ถ้ำ มาจากลักษณะจำนวน

ถ้ำพรรณรา

        ส่วนที่เป็นหลักฐานก่อนประวัติศาสตร์ ได้แก่ ขวานหินขัด ภาชนะดินเผาสีดำ สีแดง ลายเชือกทาบ ชิ้นกระดูกมนุษย์ นับเป็นแหล่งโบราณคดีหลายสมัย คือ สมัยก่อนประวัติศาสตร์ สมัยแรกเริ่มประวัติศาสตร์ และสมัยประวัติศาสตร์ ซึ่งชาวบ้านบริเวณนี้มีการสันนิษฐานกันว่า เป็นทรัพย์สินของคนโบราณ ที่เกี่ยวข้องกับการเดินทางไปร่วมกันสร้างพระบรมธาตุที่หาดทรายแก้ว เมื่อทราบว่ามีการสร้างพระบรมธาตุเสร็จแล้ว จึงหยุดการเดินทางและทำการสร้างสิ่งสักการะไว้ เช่น พระพุทธไสยาสน์ ตามตำนานกล่าวว่า สร้างเสร็จหลังการสร้างพระบรมธาตุ

        เมื่อมีเศรษฐีนีชาวอินเดีย 2 คน ชื่อ ชีปริง และชีปราง เดินทางมากับพรรคพวก นำสิ่งของมาร่วมสร้างพระบรมธาตุ เดินทางมาตามลำน้ำตาปี เมื่อทราบข่าวการสร้างพระบรมธาตุเสร็จ ทั้งสองคนจึงหาสถานที่เหมาะสม พบว่าบริเวณถ้ำพรรณราเหมาะสมจึงทำการสร้างพระพุทธไสยาสน์ โดยนำเอาสิ่งของมีค่า แก้ว แหวน เงิน ทอง บรรจุไว้ฐานพระและบริเวณใกล้เคียงจำนวนมาก เมื่อทั้งสองเสียชีวิตลง ได้มีการสร้างรูปทั้งสองไว้ที่ปลายเท้าของพระพุทธรูป และบรรจุอัฐไว้ ในการสร้างพระพุทธรูปนั้น ปรากฏว่ามีผู้เสียชีวิตจำนวนมากและนำเอาอัฐิจำนวนมากเก็บใส่หม้อดินบรรจุถ้ำต่ง ๆ

        พระพุทธไสยาสน์ ได้มีการบูรณปฏิสังขรณ์เสร็จเมื่อ พ.ศ. 2520 มีความยาว 11 เมตร สูงราว 5 เมตร และได้นำเอาวัตถุโบราณที่ค้นพบบรรจุไว้ในส่วนองค์พระบรรทมและในส่วนหมอน นอกจากนั้นยังได้ปฏิสังขรณ์พระพุทธรูปต่าง ๆ ในบริเวณนี้ เป็นต้นว่า พระปริง พระปราง ทุก ๆ ปี จะมีประชาชนเดินทางมาบูชาแก้บน ในวันขึ้น 1 ค่ำ เดือน 11 ซึ่งตามความเชื่อว่าเป็นคณาญาติของชีปริงและชีปราง โดยได้กระทำต่อเนื่องกันมาจนเป็นประเพณีถึงปัจจุบันนี้ เมื่อคณะที่มาทำบุญบวงสรวงเสร็จ ลูกหลานที่ติดตามมาก็จะเดินสำรวจถ้ำต่าง ๆ จนกลายเป็น ประเพณีขึ้นสำรวจถ้ำ เป็นงานสำคัญในท้องถิ่นด้วย ถ้ำทองพรรณราในปัจจุบันตั้งอยู่บริเวณวัดถ้ำทองพรรณรา หมู่ที่ 9 ตำบลถ้ำพรรณรา โดยสถานภาพปัจจุบันกรมศิลปากรได้ขึ้นขึ้นทะเบียนเป็นแหล่งโบราณคดี เมื่อ พ.ศ. 2521

        ถ้ำพรรณราเป็นอำเภอหนึ่งของจังหวัดนครศรีธรรมราช ได้รับการยกฐานะเป็นกิ่งอำเภอ แบ่งแยกอำเภออกจากอำเภอฉวาง เมื่อวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2533 ตามประกาศของกระทรวงมหาดไทย ลงวันที่ 19 มกราคม พ.ศ.2533 และยกฐานะเป็นอำเภอถ้ำพรรณรา เมื่อวันที่ 7 กันยายน พ.ศ.2538